五四运动时，傅先生还是北京大学的学生，就表现了他那深厚的学养和卓越的领导、组织才能。当时他所主编的《新潮》杂志，蔚为五四时期最有影响的刊物之一。该刊的刊名外文做Renaissance（文艺复兴），正好象征五四运动的巨大历史意义。它正式揭开了我国由传统从此大踏步而又不可逆转地进入近代化在思想上和文化上的序幕，其历史意义恰相当于西方的文艺复兴运动。傅斯年的名字也理所当然地成为五四运动中一个极为响亮的名字。“五四”以后，傅斯年先生去德国留学，受到当时仍处于兰克学派强大影响之下的德国历史学派的影响，以史料翔实、考订精赅为其特色。回国后，傅斯年先生在北大任教，提出了历史学即史料学的口号。这条路线曾受到不少人的非难。不过，傅先生的本意似乎并非就是历史学止步于史料，而是主张历史学应该由史料出发，也就是说，没有材料就谈不到历史研究。这和他的老师和终生挚友胡适先生的“有一分材料说一分话”是一脉相通的。后来，而尤其是解放后，它为我国广大的历史学界所垢病，这是众所周知的。无待赘述：他一系列的主要名文如《性命古训辨证》《夷夏东西说》等，奠定了他在史学界的声誉和地位。是以中央研究院（即中国科学院前身，第一任院长为蔡元培）成立后，即由傅先生出任历史语言研究所所长。历史学与语言学合在一起，亦足以见傅先生学术路线与德国学派的渊源。史语所原设在北京（北平），后迁至南京，同时傅先生仍兼任北京大学文科研究所所长。据已故谢国祯先生语我，当时南方的史学界大多出自柳贻徵先生的门墙，与傅先生渊源不深，所以傅先生特别介绍谢先生去南京中央大学任教。不意谢先生去南京后与柳门的弟子们关系很融洽，似乎颇有负于傅先生的重托。
1937年抗日战争爆发，次岁成立了国民参政会。政府迁到重庆后，傅先生以参政员的身份曾在会上猛烈地抨击孔、宋豪门，博得了“大炮”的声誉，为一时物望所归。但先生的主要职务仍然是史语和北大文科研究所。史语所在四川重庆，北大文科研究所在昆明。因为躲避敌人轰炸，文科研究所疏散至乡间岗头村，副所长是郑天挺先生。当时有一个流传的笑话是说：每当有人来文研所访问，守门的那位老司阍就一定会问：您是找正所长，还是找副所长？接着就解释说：正所长是傅（副）所长，副所长是郑（正）所长：当时傅先生已不授课，也极少向同学做讲演。我只记得有一次他向同学做的公开讲演，主席似是梅贻琦校长，地点在大图书馆前的草坪前，时间是1940年初，汪精卫公开叛国投敌后不久。他那次讲的内容就是汪精卫何以叛国投敌。出乎我们听众意外的是，他并没有做一番政治分析，而是做了一番心理分析——而且是一番弗洛伊德(Freud）式的心理分析。那次讲话的内容大意是：汪本人正值翩翩少年时，却被富婆陈璧君以金钱、权势和婚姻牢牢控制着，而且从此控制了他一生，因而造成了他心理上极大的扭曲。这种情结（complex傅先生称之为“疙瘩”）使汪终其一生受到压抑而得不到满足，于是就形成了他极为扭曲的心理状态，以及他一生人格上和心理上的变态，从而表现为从事各种极端的政治上反复无常的投机和赌博。讲演的结束语就是傅先生笑着向我们这些青年学生们说：所以我奉劝你们将来千万不要东风压倒西风，也不要西风压倒东风。这就是他那次讲话的主旨和结论。我想大多数同学是不认同的。像这样叛国投敌、组织伪政权、甘当儿皇帝的大事，恐怕是不能够单纯用被压抑的原始本能来解说的，而应该是有其更深层次的政治的、社会经济的和历史文化的原因。难道心理上的扭曲就一定要做汉奸卖国贼？然而这次讲话，今天回想起来确有其另一方面值得注意的意义。那就是傅先生是第一个——至少就我所见，他是我国史学家中第一个——认真地把心理分析引入到史学研究的。历史归根结底乃是人的活动，而人的活动归根结底乃是通过心理的这一环节。一般的历史学家们看问题往往只停留在社会分析的层次上，而绝少论及作为历史主体的人的心灵深处，所以往往是未达一间而功亏一篑。司马光《资治通鉴》中写到反叛的时候，往往会提到反叛者最后是由于“内不自安”而终于谋反。反叛是有野心的一面，但也有其内心受迫而扭曲的一面。这就更深一层地触及到了当事者的内心或灵魂深处，而比单纯地论述背景与客观形势要更深一步。弗洛伊德论达·芬奇，要追溯到他的恋母情结，尽管读者未必同意，但仍然不得不敬佩他那穷究极底的探索精神。我不知道傅先生的这次讲演是不是收入了他的《全集》，但作为一项先驱的首创，这种创新与探索的精神却是值得敬佩的。今后史学界也不宜故步自封，把自己封闭在为传统所固定下来的框架之中，而应该勇于探索新的路数和途径。一个人在行动时，到底心底里是怎么想的，是受什么情绪和动机所支配的。不然我们就不可能有更深层次的理解。
抗战后期，国内矛盾已日益突出，国民参政会遂组织了一次延安访问团，团员似是六位参政员。有傅斯年和黄炎培在内。在延安，毛泽东与访问团员逐一谈过话，与傅先生在五四时期当属旧识，大概也称道了傅先生在五四时期的功绩，所以傅先生就自称：我们当日不过是陈胜、吴广而已。同时大概还请毛泽东写了几个字。毛泽东随笔写了如下的信：
孟真先生：遵嘱写了数字，不像样子，聊作纪念。今日闻陈胜吴广之说，未免过谦，故书唐人语以广之。
敬颂
旅安
毛泽东上
竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居。
坑灰未烬山东乱，刘项原来不读书。
唐人味史一首书呈
孟真先生
毛泽东
不久，战争结束。北大校长蒋梦麟去重庆做官，校长由胡适继任。因胡适当时在美国，未能速返，在胡适回国以前，校长由傅先生代。是年十二月一日西南联大学生因反对内战举行集会，遭到国民党当局镇压，打死四人，造成惨案，由此爆发了“一二一”运动。傅先生遂由重庆来昆明处理学潮。他慰问学生，见到了学生代表时说，你们就是我的子女，打死我的子女我不能答应。一时曾博得不少同学们的认同。但是傅先生当时的基本立足点却是无法认同学生的民主运动的。所以，不久他也和其他几位老师（如冯友兰先生、雷海宗先生等）一样和大多数同学的主流拉开了距离。
同时，在重庆召开了“政治协商会议”（即旧政协），共商战后的建国方案。出席的各党派与无党派的代表共38人。傅先生以无党派的社会贤达的身份也是代表之一。当时的美籍教授温德（R.Winter）就指着他的名字说：傅斯年，Another Kuo Min Tang（又一个国民党）。但北大复原回北平后，傅先生却对伪北大教授丝毫不假以颜色，一律解聘。傅先生认为：大学教授应该是一个民族的气节的表率，为敌人服务的就不能为人师表。为此当然也免不了一些纠纷。胡适回国任校长后，傅先生回南京史语所，当时面临战局动荡、经济崩溃，傅先生在报纸上公开发表了一篇文章《这个样子的宋子文非走不可》，再一次名动一时，时任行政院长的宋子文，随即下台。
解放前夕，傅先生在台湾出任台湾大学校长，主要的班底仍是北大老人，如毛子水、姚从吾、刘崇、钱思亮各位先生，台大若干年来蔚为台湾的北大。傅先生还曾一再动员老友陈寅格先生去台湾，不果。不久，傅先生即以高血压、心脏病在台湾去世。
综观傅先生的一生，青年时代的辉煌，不失为五四一代风云人物的代表。他的学术研究成果和主持中研院史语所以及北大文科研究所的工作，其间功过得失也是有目共睹的。抗日战争时期，他一系列慷慨激昂的抗日救亡的言行，是值得称道的。他晚年所选择的道路也并不足为异。本来天下大势就是合久必分、分久必合。即使是“五四”以后到“一二一”运动其中的那些精英人物不也是在时代的大潮汹涌之中不断地在分化、在改组吗？有的人继续向前，有的人隐退了，有的人转化到了进步的对立面。人总是与时俱进、与时俱变的，不可能永远停留在原点上。借用章太炎的一个名词，不妨另赋之以新意，也可以叫做“俱分进化”吧。